คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ ๒๐ สิงหาคม ๒๕๓๔ อนุมัติให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด โดยให้มีการทดลองจัดตั้งใน ๔ จังหวัด ที่มีสำนักงานเกษตรภาคตั้ง อยู่ก่อน คือ จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดขอนแก่น จังหวัดชัยนาท และจังหวัดสงขลา

ต่อมาในปี ๒๕๓๗ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ร่วมกับสำนักงาน กพ. ได้ทำการประเมินผลการปฏิบัติงานของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดทั้ง ๔ แห่ง ผลการปฏิบัติงานอยู่ในระดับที่น่าพอใจ คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติเมื่อวันที่ ๑๓ กันยายน ๒๕๓๗ เห็นชอบให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดเป็นการถาวรได้ โดยให้รวมงานด้านการปฏิบัติการของหน่วยงานในสังกัดจังหวัด เข้ามาอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัด ภายใน ๓ ปี

ดังนั้นกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้จัดตั้งสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดขึ้นเป็นราชการบริหารส่วนภูมิภาค สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนส่วนราชการ สำนักงานปลัดกระทรวงฯ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.๒๕๓๘ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม ๑๑๒ ตอนที่ ๖ ลงวันที่ ๗ กุมภาพันธ์ ๒๕๓๘ สำหรับสำนักงานเกษตรและสหกรณ์จังหวัดสมุทรสงคราม ได้จัดตั้งในปี พ.ศ. ๒๕๓๙